合併法人の株主に公益財団法人が含まれている場合の支配関係
国税庁はこのほど、合併法人の株主に公益財団法人が含まれている場合の支配関係の判定について、文書回答事例を公表した。照会者は菓子卸売業などを営む法人Ｘ社。発行済株式の４３．３％を甲一族が保有し、０．８％をＡ社（菓子製造業・甲一族が株式１００％保有）が、３９．５％を公益財団法人であるＢ法人（甲一族が基本財産全拠出）が、残りの１６．４％を甲の親族でない複数の個人が保有している。
Ｘ社はＡ社を被合併法人とする吸収合併を予定しているが、甲一族とＡ社はＸ社の発行済株式の５０％以下しか保有していないため、Ｘ社とＡ社との間には支配関係はなく、本件合併が適格合併となるためには、「共同で事業を行うための合併」に該当する必要があるかを事前照会した。
合併当事者の株主構成をみると、甲とＡ社との間には当事者間の支配の関係があり、甲とＸ社との間には当事者間の支配の関係はない。しかしＢ法人の基本財産は全て甲一族が拠出したものであり、これを「出資」とみた場合、甲とＢ法人との間には当事者間の支配の関係があることとなり、甲一族及びＡ社が保有するＸ社株式にＢ法人が保有する当社株式を合わせるとＸ社の発行済株式の５０％超を保有することとなるので、甲とＸ社との間には当事者間の支配の関係（みなし直接支配関係）があるといえるのではないかとの疑義が生じる。
しかし、「出資」とは拠出された金銭等の額を意味すると同時に、拠出者が取得する持分又は出資持分をも意味すると考えられるところ、一般財団法人は設立者が拠出した財産に法人格を与えたものであって持分又は出資持分という観念はないので、一般財団法人（公益財団法人）の基本財産は「出資」とはいえない。このことからすれば、甲一族はＢ法人の「出資」を保有せず、甲とＢ法人との間には当事者間の支配の関係があるとはいえないため、甲とＸ社との間にも当事者間の支配の関係があることにはならない。
したがってＸ社とＡ社との間には支配関係はないこととなり、本件合併が適格合併となるためには「共同で事業を行うための合併」に該当する必要があると考えられるとの見解を示した。
これについて国税庁は、事実関係を前提とする限り照会者の見解のとおりで差し支えないとした。
合併法人の株主に公益財団法人が含まれている場合の支配関係の判定について
提供元：２１Ｃ・ＴＦフォーラム（株式会社タックス・コム）
