連結納税では、損益通算が可能であるため、連結グループに赤字の連結法人がある場合は、他の連結法人の黒字と相殺することにより、連結グループ全体の税金コストを減少させることができます（法人税法第８１条、同８１条の２）。
なお、損益通算は課税所得で行われるため、会計上の利益がプラスである場合でも、関係法人株式評価損、投資有価証券評価損、個別貸倒引当金、減損損失の認容など、臨時多額な将来減算一時差異が実現することにより課税所得がマイナスとなる場合は損益通算の効果が生じることとなります。
ただし、住民税および事業税では損益通算は生じないため、連結納税によるメリットは享受できません。
具体的には、下の図表のようなケースで損益通算のメリットを受けることが可能となります。
| ＊１ |
税前利益から控除可能な繰越欠損金を控除して課税所得を計算している |
| ＊２ |
地方税には連結納税（損益通算）の適用がないため、税金は法人税３０％のみで計算している |
| ＊３ |
単体納税の税金は、各連結法人の税金の合計（横計）である |
| ＊４ |
Ａ社は特定連結子法人に該当しないものとする。したがって、連結納税では、Ａ社の開始前繰越欠損金７００は連結所得と相殺できない |
| ＊１〜３ 同上 |
| ＊４ |
Ａ社は特定連結子法人に該当するものとする。したがって、連結納税では、Ａ社の開始前繰越欠損金４００は個別所得５００を限度に相殺可能となる |
| ＊１ |
地方税では連結納税（損益通算）の適用がないため、税金は法人税３０％のみで計算している |
| ＊２ |
単体納税の税金は、各連結法人の税金の合計（横計）である |
＊１〜２同上 |
