上場株式等に係る譲渡所得等の源泉分離課税制度の廃止は、平成１１年度の改正で設けられた経過措置の適用期限が平成１３年度改正でさらに２年延長され平成１５年３月３１日までとされました。また、同時に、源泉分離課税のみなし譲渡利益率を５．２５％とする特例措置の期限もさらに２年延長され、平成１５年３月３１日までとされました。しかし、平成１３年１１月の改正でどちらも平成１４年１２月３１日までで廃止されることになりました。

改正前 〈源泉分離課税〉 　 　 　源泉分離課税を選択しますと、所得税として売却価額の１．０５％が証券会社から源泉徴収されるだけで納税が完了します。 　この課税方式は、売却価額の５．２５％だけ売却益が出たものとして、その２０％を源泉徴収するというものです。 〈申告分離課税〉 　株式等の譲渡所得＝株式等の売却収入−（株式等の取得費＋譲渡費用＋株式等の取得に要した借入金利子）−（長期所有上場株式等の１００万円特別控除） 　申告分離課税方式は、譲渡益などを自主計算したうえで、翌年の確定申告において分離課税として他の所得と切りはなして、上記の税率で課税されます。

　なお、平成１４年１２月３１日までは、個人が証券会社を通じてする株式等の譲渡所得の計算は申告分離課税と源泉分離課税のいずれか有利な方を取引毎に選択することができます。