年末調整を行う時期は、「年末調整」という字句のとおり、通常は１２月において本年の最後の給与を支払う時になります。
　したがって、本年最後に支払う給与が通常の給与（月給等）であれば、その通常の給与を支払う時となり、年末手当等の賞与が最後の給与であれば、その賞与を支払う時ということになります。
　ただし、年末の賞与が通常の給与より先に支払われるような場合には、その賞与を本年最後に支払う給与とみなして、その賞与の支払の時に年末調整を行うことができることになっています。この場合の年末調整は、その賞与を支払う時点で、その後に支払われる１２月分の通常の給与の見積額及びその見積額に対する徴収税額を含めたところで行うことになりますので、後日、その見積額等に異動が生ずることになったときは、その後に支払う通常の給与で、年末調整の再調整を行うことになります。（基通１９０−６）
　また、次のような特別の場合には、それぞれ次に掲げる時に年末調整を行うことになっています。（基通１９０−１）